Datos de Metabarcoding

Contexto

GBIF ha lanzado recientemente la fase piloto del Programa de Datos de Metabarcoding, destinado a mejorar la integración por parte de GBIF de los datos de metabarcoding de ADN sobre biodiversidad. En parte como respuesta al esfuerzo en curso para enriquecer el modelo de datos de GBIF, el programa establece un marco para que los nodos de GBIF apoyen e involucren a las comunidades de investigadores que recogen y gestionan dichas pruebas utilizando una herramienta de nuevo desarrollo, el Metabarcoding Data Toolkit (MDT).

Metas del aprendizaje

Tras completar este módulo, usted debería ser capaz de realizar las siguientes tareas:

  • Defina y explique qué son los datos de Metabarcoding del ADN

  • Describir la importancia de los datos de metabarcoding

  • Identificar los componentes clave y el flujo de trabajo del procesamiento de datos de metabarcoding

  • Identificar oportunidades para trabajar con la comunidad de ADN

  • Comprender las aplicaciones prácticas de la metabarcoding para el seguimiento de la biodiversidad.

  • Comparar los puntos fuertes y las limitaciones de la metabarcoding frente a los métodos tradicionales.

  • Reconocer los tipos de datos producidos y cómo dichos datos podrían movilizarse a través de GBIF.

  • Demostrar que conoce el conjunto de Herramientas de Datos de Metabarcoding (MDT)

  • Normalizar y formatear los conjuntos de datos de metabarcoding

  • Publicar conjuntos de datos de metabarcoding en GBIF

Trainers

The following trainers have developed the content for this topic:

Luke Jimu, Administrador de Nodo, Zimbabue

Stephen Formel, Responsable de Datos, Secretariado de OBIS

Consultor del Secretariado: Tobias Guldberg Frøslev

Preparación

Completar las siguientes actividades para preparar las sesiones in situ:

  1. Explore los materiales en Programa de Metabarcoding.

  2. Crear una cuenta en GBIF.org (si aún no tiene una).

  3. Acceda a https://mdt.gbif-test.org/ utilizando su nombre de usuario/contraseña de GBIF.org.

Comprender el Metabarcoding de ADN en la Investigación de la Biodiversidad

Esta presentación introduce el tema de la formación y proporciona una base para comprender el metabarcoding del ADN en la investigación de la biodiversidad.

 

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=== Descodificación del metabarcoding

Para esta actividad, los miembros del grupo estudiarán las aplicaciones prácticas del para el seguimiento de la biodiversidad y compararán los puntos fuertes y las limitaciones del metabarcoding frente a los métodos tradicionales.

Instrucciones

  1. Designar a alguien que tome notas y a un presentador.

  2. Seleccione un escenario.

  3. Haz una lluvia de ideas para responder a las preguntas.

  4. Informe a todos los grupos.

Escenarios

Monitoreo en Agua Dulce

Escenario: Una autoridad de un parque nacional quiere controlar la diversidad de invertebrados acuáticos en los ríos para evaluar la salud del ecosistema.

Enfoque tradicional: Toma de muestras por impacto, identificación experta bajo microscopio.

Tarea: Considerar cómo el metabarcoding podría complementar o sustituir esto, qué datos genera y por qué es importante.

Comunidades Microbianas del Suelo

Escenario: Un instituto de investigación agrícola estudia los microbios del suelo que contribuyen a la fijación del nitrógeno y la tolerancia a la sequía en los cultivos.

Enfoque tradicional: Métodos basados en cultivos.

Tarea: Debatir cómo le metabarcoding mejora la cobertura de la diversidad microbiana y genera datos utilizables para la planificación de la agrobiodiversidad.

Detección de Especies Invasoras

Escenario: Una autoridad portuaria controla el agua de lastre para detectar la introducción de especies invasoras.

Enfoque tradicional: Muestreo manual e identificación visual.

Tarea: Explorar cómo el metabarcoding podría proporcionar una detección más rápida y amplia.

Comunidades de Polinizadores

Escenario: Una ONG conservacionista quiere identificar las especies de polinizadores que visitan los cultivos en paisajes fragmentados.

Enfoque tradicional: Observación manual y colecta de especímenes.

Tarea: Considerar el metabarcoding del ADN de las cargas de polen como método para detectar redes planta-polinizador.

Preguntas

  • Aplicación: ¿Cómo podría aplicarse el metabarcoding en este escenario?

  • Comparación: ¿Por qué el metabarcoding puede ser más adecuado (o no) que los métodos tradicionales?

  • Tipos de datos: ¿Qué tipos de datos sobre biodiversidad generaría (por ejemplo, presencia de especies, abundancia relativa, composición de comunidades, diversidad funcional)?

  • Relevancia para GBIF: ¿Cómo podrían movilizarse estos datos hacia GBIF, y quién se beneficiaría de su uso?

  • Desafíos: ¿Cuáles son los posibles obstáculos (técnicos, de capacidad, normas de datos, costos, vacíos en las bibliotecas de referencia)?

Al final de la actividad, cada grupo elegirá a una persona para que informe en sesión plenaria.

== Del campo a GBIF: Flujo de Trabajo de Movilización de Datos de Metabarcoding

Esta presentación examina el flujo de trabajo de movilización de datos de metabarcoding e introduce el Kit de Herramientas de Datos de metabarcoding.

 

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Kit de Herramientas de Datos de Metabarcoding (MDT)

Para esta actividad, las personas realizarán una serie de pasos utilizando el MDT Sandbox (Instalación de demostración) y un conjunto de datos de ejemplo para aprender cómo funciona la herramienta.

Instrucciones

  1. Inicie sesión en https://mdt.gbif-test.org/ con su nombre de usuario GBIF.

  2. Por favor, plantee cualquier punto de confusión o pregunta que pueda tener para que podamos discutirlos en grupo.

Plan de acción

Los entrenadores concluirán el tema y ofrecerán un plan de acción para que reflexiones sobre este tema después de la formación.