Работа с таксономической неопределённостью

Определение видовой принадлежности — сложный процесс. Как правило, виды описываются на основании определённого набора морфологических признаков, приведённых в опубликованном первоописании и связанных с типовым экземпляром, хранящимся в научной коллекции. Этот экземпляр может использоваться для проверки правильности определения вида. Если таксоны очень похожи друг на друга или для их правильного определения необходимо учитывать комплекс сложных признаков, отсутствие у издателей данных соответствующих специальных таксономических знаний может приводить к ошибкам в определении видов. Как пользователи данных, вы должны чётко понимать, каким образом проводится определение таксономической принадлежности организмов в интересующей вас группе:

Если вы считаете, что существует риск неправильного определения видов, можно использовать консервативный подход к отбору данных: ограничиться записями, связанными с экземплярами, хранящимися в научных коллекциях, где возможна проверка правильности таксономического определения, и исключить данные из других источников. Другой подход заключается в использовании сопутствующей информации, например сведений о коллекторах, изображений, последовательностей ДНК и других материалов, для проверки правильности таксономического определения.

Синонимия может возникать, когда один и тот же вид описывается несколько раз и при каждом новом описании получает новое название, либо в результате изменений в таксономии, например при переносе вида из одного рода в другой. Только одно научное название вида может быть признано принятым, а остальные названия считаются синонимами. Эти синонимы могут продолжать использоваться в той или иной степени, поэтому при получении данных из GBIF важно убедиться, что вы извлекаете данные, относящиеся к нужному вам таксону. Основная таксономическая база GBIF (GBIF Taxonomic Backbone) позволяет различать принятые научные названия и синонимы, а также присваивает таксонам уникальные идентификаторы — таксономические ключи (taxon keys). Поиск видов позволяет фильтровать результаты по принятым названиям и синонимам, а таксономические ключи могут использоваться для программного поиска данных в GBIF.

Научные названия могут быть неоднозначными и создавать сложности при работе с данными. Если вы получаете данные, доступные через GBIF, программным способом, а не через веб-сайт, идентификаторы таксонов позволяют эффективно формировать поисковые запросы на основе таксономической принадлежности. Идентификаторы таксонов присваиваются таксонам в ранге вида, рода, семейства, отряда, типа и царства. Принятым научным названиям присваиваются уникальные идентификаторы, при этом их синонимы связываются с теми же идентификаторами. Таким образом, для систематизации данных по видам целесообразно использовать уникальные идентификаторы таксонов, присвоенные в процессе индексирования набора данных в GBIF.

В некоторых случаях научное название может не соответствовать ни одному названию в основной таксономической базе GBIF. Например, это может происходить, если вид был недавно описан или отсутствует в таксономических списках, используемых GBIF для формирования своей основной таксономической базы. Такие записи помечаются флагом TAXON_MATCH_HIGHERRANK, который указывает, что научное название не было распознано, однако удалось установить соответствие на более высоком таксономическом уровне, например рода или семейства. Этот флаг можно использовать для выявления и фильтрации таких записей. Если научные названия содержат орфографические ошибки или неправильно отформатированы, используется флаг TAXON_MATCH_FUZZY. Он позволяет выявлять и фильтровать записи, для которых соответствие с основной таксономической базой GBIF удалось установить только с помощью нечёткого сопоставления, а не точного совпадения названий.