Using GBIF-mediated data

В этом модуле вы узнаете, как используются данные GBIF и как получить к ним доступ.
Здесь приводится краткий обзор информации, представленной в курсе «Введение в GBIF», если вам нужно освежить знания.

Как используются данные, предоставляемые через GBIF?

The GBIF literature tracking system has identified over 10,000 uses (July 2024) of GBIF mediated data, most of which are in peer-reviewed articles. The majority of these uses are in the field of ecology, but others relate to climate change, conservation, human health and agriculture. A systematic review of the use of GBIF-mediated data by Heberling et al. (2020) showed:

  • Со временем увеличились как объем доступных данных, так и их использование.

  • Интеграция данных способствует проведению глобальных исследований и расширению доступа к данным.

  • Сферы применения данных, предоставляемых через GBIF, выходят за рамки отдельных дисциплин.

  • Научные области, в которых используются данные, предоставляемые через GBIF, концептуально разнообразны, и их популярность меняется со времени.

  • Объединённые на глобальном уровне наборы данных позволяют исследователям решать как фундаментальные, так и прикладные задачи на таксономических, временных и пространственных уровнях, которые в противном случае были бы недоступны для изучения.

  • Взаимодополняющая роль данных о биоразнообразии, основанных на наблюдениях и изучении образцов, подчёркивает ценность и необходимость их более глубокой интеграции с филогенетическими, экологическими, фенотипическими и генетическими данными, а также данными об окружающей среде.

fig3
Результаты структурного тематического моделирования, полученные на основе 4 035 исследований, опубликованных в период с 2003 по 2019 год, в которых использовались данные, доступные через GBIF.

Данные, доступные через GBIF, также используются для мониторинга состояния биоразнообразия и оценки прогресса в достижении целей Конвенции о биологическом разнообразии. Увеличение объёма доступных через GBIF записей о находках является одним из индикаторов оценки прогресса в достижении целевой задачи 19 по сохранению биоразнообразия, принятой в Айти. Кроме того, GBIF служит одним из основных источников данных для расчёта ряда других индикаторов, включая Индекс информации о состоянии видов (Species Status Information Index), Индекс среды обитания видов (Species Habitat Index) и Индекс среды обитания биоразнообразия (Biodiversity Habitat Index).

Хотя полезность данных, предоставляемых через GBIF, не вызывает сомнений, широкое разнообразие источников данных, доступных через GBIF — включая, в частности, музейные коллекции, гражданскую науку и метагеномику — означает, что не все данные, предоставляемые через GBIF, будут подходить для любого применения. Ключевыми компонентами использования данных, предоставляемых через GBIF, являются понимание того, как получить доступ к конкретным данным, которые вам нужны, из того, что доступно в GBIF, а также понимание некоторых распространенных проблем качества данных, которые влияют на данные, с тем чтобы облегчить их обработку перед анализом.

Как получить доступ к данным, доступным через GBIF?

There are two main points of access to GBIF-mediated data: GBIF.org and the Application Programming Interface (API) services. Using the website requires no programming experience and allows for quick and easy search, filter and download functions for GBIF-mediated data, as well as a range of additional tools and metrics that are not available through API services. API services allow continued access to GBIF-mediated data through other systems and can be the basis for the development of tools that allow for the interrogation of the data. Examples include a number of R packages, such as rgbif and CoordinateCleaner, as well as more specialized tools that allow for more specific use cases, such as GeoCat for Red List assessments.

Что мне доступно?

С помощью функций поиска на веб-сайте пользователи могут получить доступ к данным, которые можно либо напрямую загрузить через GBIF, либо просмотреть в исходных источниках, перейдя по ссылкам, предоставленным GBIF.

Помните, что как пользователь данных вы должны ознакомиться с условиями Соглашения об использовании данных GBIF и принять их; эти условия включают корректное цитирование при использовании данных, предоставляемых через GBIF.
downloadoptions

В вашем распоряжении имеются следующие данные:

  • Первичные данные о биоразнообразии — данные о находках, таксономические списки и данные о событиях отбора проб, которые предоставляются пользователям в одном из трёх форматов скачивания:

    • Простой формат (Simple): CSV с разделителем табуляции. Содержит только данные после их обработки и интерпретации GBIF. Мультимедийные материалы не включены.

    • Архив Darwin Core: Darwin Core архив (DwC-A) содержит как исходные данные, предоставленные издателем, так и результаты их интерпретации GBIF. Включает ссылки на мультимедийные материалы, но не сами файлы.

    • Список видов (Species list): CSV с разделителями-табуляциями, содержащий список уникальных научных названий из результатов поиска, а также визуализацию данных на карте.

  • Для стран и регионов, издателей данных, наборов данных и поисковых запросов предоставляется ряд показателей, которые позволяют проанализировать структуру данных по категориям, выявить тенденции в сборе данных и обратить внимание на проблемы, связанные с качеством данных. По странам эти показатели также можно скачать в виде отчета о деятельности в формате PDF.

  • Поисковая база данных публикаций, в которых использовались данные, предоставленные через GBIF.

Поиск можно осуществлять по базе данных occurrences, species, datasets, издатели и ресурсы, причём каждая функция поиска содержит набор фильтров, позволяющих уточнить поиск и получить дополнительные данные, связанные с результатами, например, images, можно найти на вкладках, связанных с поиском.