Use Case - Birds from literature

Le Musée d’Histoire Naturelle du Danemark (NHM-DK) est un centre de recherche associé à l’Université de Copenhague. Leur bibliothèque est membre de l’association nationale des bibliothèques qui a récemment reçu des fonds de l’État pour mettre en ligne les ressources détenues par ses membres. Le NHM-DK aimerait commencer à numériser les cahiers de terrain, des publications et des livres contenus dans leur bibliothèque, dont certaines ont une valeur historique significative.

Après une courte consultation avec leurs partenaires réguliers, NHM-DK a reçu une suggestion du chef du bureau de gestion du Parc national du Nordjylland. Ils aimeraient que le contenu d’une compilation littéraire classique particulière soit numérisé pour un projet qu’ils exécutent : "Oiseaux aux phares danois, 1883-1939 (En danois, « Fuglene ved de danske Fyr, 1883-1939 »). Ils veulent utiliser toutes les données d’occurrence enregistrées dans ces livres à partir de deux phares (Lodbjerg Fyr et Hanstholm Fyr) pour un projet d’exposition sur place.

Le NHM-DK a entamé des discussions avec leur nœud national GBIF, DanBIF, au sujet de la mobilisation des informations contenues dans ces volumes, à savoir préserver leur contenu pour le futur et fournir un accès en ligne à tout le monde. Avec la participation de DanBIF, il y a l’intention de publier et d’enregistrer les données extraites avec le GBIF. Comme le GBIF nécessite une licence pour toutes les données publiées, le musée a décidé de publier les données avec une licence Creative Commons permettant l’utilisation des données avec attribution (CC-BY).

Les services informatiques requis sont fournis par l’Unité Technologique de l’Université de Copenhague, comme pour tous les projets numériques de musées.

Le directeur adjoint de HHM-DK, qui coordonne ce travail a développé un plan général pour le travail :

Dans la période 1883-1939, 45 phares et bateaux-phares étaient actifs au Danemark. Ces phares ont été utilisés par plusieurs espèces d’oiseaux durant la période de migration des oiseaux entre 1886 et 1939. La présence et les activités de ces oiseaux ont été enregistrées, surtout par les gardiens de ces phares qui ont aussi recueilli des spécimens qui ont été envoyés au musée à Copenhague. Ces oiseaux ont été soigneusement préservés et catalogués par les responsables de collections du musée et les spécimens y sont encore présents aujourd’hui. Des observations sur les conditions météorologiques durant les nuits où les oiseaux ont été observés par les gardiens ont également été documentées.

Ceci est un exemple de description d’une série d’observations d’espèces provenant d’un livre (en allemand, à l’exception du nom commun de l’espèce qui est fournie en danois).

Ceci est un exemple de la sortie numérisée et traduite à partir de l’exemple analogique ci-dessus.

En étudiant l’extrait du livre, les volontaires de la Société d’Ornithologie de Copenhague suggèrent d’extraire les données suivantes du texte numérisé et traduit :

Saisie de données

Les scans et la reconnaissance de caractères (OCR) des livres sont terminés. Les données sur les occurrences doivent maintenant être extraites de ces sources et compilées dans un format de feuille de calcul.

Les données originales étaient en allemand et, afin de les rendre plus largement utilisables lors de leur publication en ligne, le responsable du projet souhaite les rendre disponibles en anglais.

Gestion des données

Les données ont maintenant été compilées dans un format de feuille de calcul par les bénévoles de la Société ornithologique de Copenhague. En tant que conservateur de la collection ornithologique au département des oiseaux, vous êtes responsable de la qualité des données du jeu de données.

Grâce au géoréférencement rétrospectif, des coordonnées ont été ajoutées au jeu de données ainsi que la localité, mais aucune autre information géographique à une échelle supérieure. Étant donné que toutes les observations ont été faites au Danemark, le continent et le pays peuvent facilement être ajoutés. De plus, seul le nom scientifique a été fourni. Une taxonomie supérieure peut être dérivée en utilisant des outils logiciels tels qu’OpenRefine. Vous savez aussi qu’il y a des erreurs typographiques qui ont été faites par les numériseurs.

Publication de données

Pour cet exercice, vous assumerez le rôle de la personne responsable de la publication des données nettoyées en ligne via le réseau GBIF. Vous avez reçu un fichier multimédia et un fichier d’historique d’identification qui devrait être publié en même temps que les observations. Le membre du personnel responsable de la qualité des données vous a fourni des jeux de données nettoyés pour que vous puissiez les publier.