Cas Pratique I - Spécimens d’herbier

L’Université de White Plains est un établissement d’enseignement tertiaire reconnu au Guatemala et une référence nationale pour la recherche sur la biodiversité. Le département de biologie végétale héberge un herbier de taille moyenne contenant environ 80 000 spécimens récoltés dans et autour de la région et datant du milieu du 20ème siècle à nos jours. La collection comprend des spécimens importants, y compris des spécimens types et des espèces endémiques.

Actuellement, la conservation de la collection est la responsabilité du professeur de systématique végétale, qui accomplit les tâches de curateur ainsi que des travaux de recherche et d’enseignement réguliers. L’administrateur du département est responsable des tâches administratives quotidiennes de l’herbier, comme l’achat de consommables, incluant le papier et les étiquettes. Le personnel enseignant et les étudiants qui collaborent au sein du département y travaillent occasionnellement et mettent à jour les identifications des spécimens et il y a deux botanistes retraités qui se portent régulièrement volontaires dans la collection pour aider le professeur à préparer les prêts.

L’université a déjà une plateforme de recherche en ligne pour les collections de sa bibliothèque qui est maintenue par l’équipe web de l’université sur des serveurs hébergés en externe. Aucun spécimens d’histoire naturelle n’est actuellement disponible via cette plate-forme.

Le responsable du département de biologie végétale a récemment obtenu une subvention de 50 000 $USD de deux ans pour photographier et publier en ligne les informations des collections botaniques. L’équipe veut profiter de cette occasion pour établir un protocole permanent de numérisation et de publication qui donnera une plus grande visibilité à l’herbier et continuera d’attirer des fonds.

L’Herbier comprend environ 80 000 spécimens récoltés entre 1960 et 2015 concentrés principalement dans le hotspot de biodiversité — Parc national de Short Mountain. La collection s’agrandit encore grâce à des échanges, des dons et plusieurs projets de recherche actifs. Pour chaque spécimen, des renseignements sur le collecteur, l’heure, la date, le lieu et la taxonomie sont documentés. Jusqu’à présent, aucune mesure de contrôle de qualité n’a été effectuée sur les données et il n’y a pas eu d’imagerie systématique des spécimens.

Le professeur a une simple base de données non relationnelle sur son ordinateur qui sert d’index pour un grand nombre de spécimens, mais pas tous. Toutes les images existantes des spécimens sont conservées localement par les chercheurs indépendants qui les ont prises.

Saisie de données

Imaginez que vous êtes la personne chargée de transcrire les données qui se trouvent sur les planches d’herbier.

Gestion des données

Votre institution fait partie de la "Global Poales Association (GPA)". Cette association a obtenu un financement pour publier une flore actualisée de ce groupe et souhaite que votre herbier participe en fournissant ses données de qualité sur cet ordre de plantes. Comme les Poales sont bien représentées dans votre collection, vous pensez pouvoir apporter une contribution importante à cette initiative.

Publication de données

Après le nettoyage des données dans le jeu de données des Poales, l’équipe considère que la publication des données en ligne via le réseau GBIF pourrait être un bon moyen de rendre cet effort visible. Il vous a été demandé de mener à bien ce travail de publication, basé sur ce jeu de données.