Use Case - Invasive species

Familiarisez-vous avec le scénario du cas d’utilisation.

Scénario

Suivi des espèces envahissantes

use case invasives hawaii
Leucaena leucocephala (Lam) de Wit observé à Hawaii par Sharon Grant (sous licence CC-BY-NC 4.0)

Ce récit a été élaboré comme base pour des exercices pratiques du cours de mobilisation des données sur la biodiversité. Le concept et le contenu de l’exercice ont été développés par Sharon Grant, John Wieczorek, David Bloom et Laura Anne Russell.

Il s’agit d’un scénario fictif, basé sur un jeu de données réel, dont le but est de servir de support pédagogique. Le jeu de données original est attribué à Simpson A (2016). Big Island Invasive Species Committee - Pest Reports - 2005-2010. Version 4.1. United States Geological Survey. Jeu de données d’occurrences accessibles via GBIF.org le 2017-07-13.

Description

Le Conseil sur les espèces invasives de Hawaï (Hawaii Invasive Species Council : HISC) a reçu une subvention fédérale pour collaborer avec des écoles secondaires dans le cadre du programme national d’Hawaï sur les espèces invasives. Le but du projet est d’accroître les connaissances locales sur les espèces invasives, accroître la collecte de données et générer des listes d’espèces annotées pour les zones signalées. Un gestionnaire est employé à temps plein pour superviser le projet. Tous les fonds et les allocations sont gérés par l’Associé Fiscal du HISC.

Le directeur du Comité des espèces envahissantes (CSI) de chaque île a reçu un sous-prix pour la mise en place de programmes éducatifs locaux et la collecte de données. Les programmes ont formé des élèves du secondaire à devenir des mentors d’élèves et à faciliter la collecte d’images et de données par les membres de la communauté locale. Le Comité des espèces envahissantes de la Grande Île (CIIS) a reçu un nouveau sous-prix pour étendre sa base de données centrale afin de tenir compte des données de chaque ISC, de fournir aux écoles participantes leurs propres sites Internet et de mettre à jour un portail de données consultable unique pour servir le gouvernement, le public et les efforts de recherche scientifique.

Deux écoles de chaque île ont été sélectionnées parce qu’elles étaient situées dans des zones où les connaissances et la documentation relatives à l’évaluation des espèces envahissantes étaient médiocres ou inexistantes. Les enseignants ont travaillé avec le responsable à la sensibilisation du Conseil des espèces envahissantes (CSI) local pour créer du matériel pédagogique détaillant 21 espèces de plantes envahissantes, y compris comment identifier les étapes de vie de chaque espèce et les méthodes de contrôle les plus efficaces.

L’école supérieure de l’Université d’Hawaï à Maui (UHM) organise un cours de sensibilisation auprès du grand public. Quatre étudiants de l’Université, dans le cadre de leur évaluation finale, sont en train de valider les identifications sur base photographique, et les descriptions soumises par chaque école secondaire à leur SIC local.

Collecte de données

Des élèves de chaque école secondaire ont organisé une série d’enquêtes sur une journée dans leur quartier. Les participants, guidés par les techniciens locaux de l’ISC et les mentors des étudiants, ont visité différents endroits où des guides photo leur ont été donnés et où un itinéraire à suivre pour la collecte de données leur a été attribué. Le long de chaque itinéraire, ils ont été chargés d’identifier les espèces cibles et de prendre 1 à 3 photos à l’aide de téléphones portables équipés d’un GPS.

Les informations, décrivant les observations de chacune des 21 espèces invasives ciblées, ont été enregistrés à l’aide d’un formulaire numérique de collecte de données au cours de chaque collecte. Les participants ont mis en ligne les images capturées via leurs téléphones portables et ont été encouragés à cliquer sur leur localisation en utilisant une carte Google, incorporée dans le formulaire, pour attribuer une latitude et une longitude à chaque observation. La conception du formulaire était basée sur le formulaire de déclaration des ravageurs du HISC.

use case invasives data collection

Description des données numériques

Une base de données, créée et hébergée par le service informatique de UHM, contient les images et les données du formulaire en ligne, mais ces données ne sont pas accessibles publiquement. Les données ont été exportées en tant que fichiers aux valeurs séparées par des virgules (.csv), et envoyées aux quatre étudiants diplômés de l’UHM pour validation taxonomique à l’aide des images et des descriptions soumises. L’analyste SIG du BIISC a utilisé les coordonnées de Google Maps et les données d’image EXIF pour vérifier la qualité des observations et ajouter les coordonnées géographiques manquantes. Les mentors étudiants ont renommé tous les fichiers image pour qu’ils correspondent au numéro d’observation, afin de faciliter le référencement croisé ultérieur par le BIISC.

Exercises

Download the exercise sheet. (MS Word, 342 KB)

Exercice 1

Saisie de données

Le BIISC prévoit maintenant de rendre accessibles et publiques toutes les données du projet en publiant des jeux de données sur le GBIF. En tant qu’assistant de sensibilisation du BIISC, vous devez identifier les champs Darwin Core pertinents correspondant le mieux aux données du formulaire en ligne. Vous avez remarqué que des données supplémentaires décrivant les espèces et les lieux ont été ajoutées au formulaire de données par les étudiants diplômés qui ont procédé à leur validation. Vous devez étendre la structure de données afin d’intégrer ces informations à partir du formulaire en ligne, avec les données taxonomiques et géographiques supplémentaires.

  1. Download UC-IS-1-ForCapture.csv. (81 KB)

  2. En utilisant le jeu de données téléchargé, créez une feuille de calcul comme exemple de la structure de données étendue et des champs que vous avez identifiés comme étant pertinents pour la correspondance avec le Darwin Core.

  3. Utilisez la feuille d’exercice pour fournir vos réponses et soumettre la feuille de calcul.

Exercice 2

Gestion des données

Au cours de l’été, les stagiaires du bureau principal du HISC ont créé des listes de référence taxonomique à partir des données d’occurrence originales recueillies et complétées à partir du formulaire en ligne. En assumant le rôle de chef de projet HSC, vous devez maintenant effectuer les contrôles de qualité finaux avant la publication.

  1. Download UC-IS-2-ForCleaning.xlsx. (156 KB)

  2. Évaluez le jeu de données et identifiez quels types d’erreurs il contient.

  3. Identifiez différentes façons de corriger ces problèmes et effectuez ces corrections pour autant d’erreurs que possible.

  4. Utilisez la feuille d’exercice pour fournir vos réponses et soumettre la feuille de calcul.

Exercice 3

Publication de données

Le HISC est maintenant prêt à publier les données de la liste de référence taxonomique et les occurrences associées sur le GBIF. Pour cet exercice, vous assumerez le rôle de responsable du projet. Votre responsabilité : publier les données de la liste de référence nettoyée et les occurrences associées en ligne via le réseau GBIF.

  1. Download UC-IS-3-ForPublication.xlsx. (99 KB)

  2. Utilisez l’installation IPT indiquée précédemment pour publier le jeu de données fourni.

  3. Utilisez la feuille d’exercice pour fournir vos réponses, ainsi qu’un lien vers le jeu de données publié.